مناطق آزاد اصولا از شمول قانون کار خارج بوده و تابع مقررات اشتغال مناطق آزاد مصوب ۱۳۷۲ هستند ، قانون اخیر در مناطق ویژه اقتصادی و پارک های علم وفناوری نیز اجرا می شود ، مهم ترین ویژگی مقررات کار در مناطق آزاد تاکید بر توافقی بودن مفاد قرارداد کار و کاهش مقررات آمره و اجباری است که در قانون کار آمده است ، با وجود این ، در قانون اشتغال مناطق آزاد هم ، پرداخت حداقل حقوق مصوب وزرات کار الزامی است البته با توجه به رای وحدت رویه صادر شده از دیوان عدالت اداری در فرض سکوت در مقررات خاص اشتغال مناطق آزاد ، باید به قانون کار ، به عنوان قانون عام و مادر مراجعه نمود ، بسیاری از مزایای مقررات اشتغال در مناطق آزاد از بین رفت ، به عنوان مثال تا پیش از صدور این رای ، نظر غالب بر این بود که اعطای سنوات یا عیدی و پاداش اختیاری و تابع توافق است ولی پس از صدور که در حکم قانون تلقی می شود این تفسیر پذیرفته شد که سنوات و عیدی و پاداش در این مناطق اجباری است .